Olkhon có sự kết hợp mạnh mẽ của địa hình và là địa danh khảo cổ học nổi tiếng. Bờ phía đông là núi dốc, nằm ở độ cao 1.276 m (4.186 ft) so với mực nước biển. Núi Zhima là điểm cao nhất tại hòn đảo, với độ cao 818 m (2.684 ft) so với mặt nước hồ Baikal. Hòn đảo có diện tích đủ lớn để có những hồ nước khác, với sự kết hợp của rừng taiga, thảo nguyên và cả sa mạc. Có một eo biển sâu, ngăn cách đảo với phần đất liền.

Hòn đảo là kết quả của hàng triệu năm kiến tạo tạo thành kênh trũng (Maloe More và Cổng Olkhon) giữa phần đất với khối đá hình thành lên đảo. Các sườn núi cho thấy các đỉnh nhô lên theo chiều dọc của Trái Đất.[3]